A mí también me funciona:
gconftool-2 -s -t bool /desktop/gnome/peripherals/touchpad/touchpad_enabled false
Para reactivarlo: gconftool-2 -s -t bool /desktop/gnome/peripherals/touchpad/touchpad_enabled true
Sacado de http://ubuntulife.wordpress.com/2010/10/06/script-para-desactivar-el-touchpad/

También me funciona:
1º xinput list
2º xinput set-prop x “Device Enabled” 0 (en vez de x el valor de id del touchpad)
Para reactivarlo: xinput set-prop x “Device Enabled” 1
Sacado de http://ubuntumexico.com/2011/03/como-desactivar-el-touchpad-en-ubuntu/

También creo que se puede como dicen http://ubuntu-cosillas.blogspot.com/2011/02/habilitardeshabilitar-el-touchpad-del.html y http://sites.google.com/site/trucosubuntu/controladores/touchpad

Me gustaría añadir:

Si te pasa como a mí que te basta con el touchpad del portátil (no necesitas ratón) pero no te gusta que funcionen las pulsaciones pues te fastidian al navegar en internet, etc. las puedes deshabilitar dejando pulsada la tecla ALT, pulsando F2, poniendo gnome-mouse-properties, pulsando Enter, pulsando en la pestaña Touchpad, quitando la marca junto a “Activar pulsaciones del ratón con el touchpad” y pulsando en Cerrar.

Para hacer lo contrario se vuelve a poner la marquita.

Los comandos que tienen el mismo efecto son:
synclient MaxTapTime=0
o
synclient TapButton1=0 TapButton2=0 TapButton3=0
o
xinput set-prop “nombredeldispositivo” “Synaptics Tap Time” 0 ( p.e. xinput set-prop “AlpsPS/2 ALPS GlidePoint” “Synaptics Tap Time” 0 )
o
xinput set-prop x –type=int y 0 ( p.e. xinput set-prop 12 –type=int 292 0 )
o
xinput set-prop “nombredeldispositivo” “Synaptics Tap Action” 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ( p.e. xinput set-prop “AlpsPS/2 ALPS GlidePoint” “Synaptics Tap Action” 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 )
o
xinput set-prop x –type=int z 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ( p.e. xinput set-prop 12 –type=int 313 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 )

Para dejarlos como estaban:
synclient MaxTapTime=180
o
synclient TapButton1=1 TapButton2=3 TapButton3=2
o
xinput set-prop “nombredeldispositivo” “Synaptics Tap Time” 180 ( p.e. xinput set-prop “AlpsPS/2 ALPS GlidePoint” “Synaptics Tap Time” 180 )
o
xinput set-prop x –type=int y 180 ( p.e. xinput set-prop 12 –type=int 292 180 )
o
xinput set-prop “nombredeldispositivo” “Synaptics Tap Action” 2, 3, 0, 0, 1, 3, 2 ( p.e. xinput set-prop “AlpsPS/2 ALPS GlidePoint” “Synaptics Tap Action” 2, 3, 0, 0, 1, 3, 2 )
o
xinput set-prop x –type=int z 2, 3, 0, 0, 1, 3, 2 ( p.e. xinput set-prop 12 –type=int 313 2, 3, 0, 0, 1, 3, 2 )

Se pueden ejecutar desde ALT+F2 o desde terminal o poner como atajos de teclado (con gnome-keybinding-properties) o poner en scripts.

Para saber los números x, y, z y el texto “nombredeldispositivo” se usan:
1º xinput list (x es el número tras id= de la línea que diga algo de Alps o Synaptics, texto que es precisamente “nombredeldispositivo”)
2º xinput list-props x|grep -i tap (en vez de x se pone el número que sea. En vez del número se puede poner el texto con Alps o Synaptics entre comillas) (y es el número entre paréntesis de la línea que dice “Synaptics Tap Time”; z es el número entre paréntesis de la línea que dice “Synaptics Tap Action”)

Más información, en inglés: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1567479

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Tomado de http://www.ubuntu-es.org/node/154732