Estas tres cosas se pueden configurar a nuestro gusto.
Para con configurar Aplicaciones y Sistema vamos al lugar de la barra donde se encuentren, hacemos click con el botón derecho del ratón y pinchamos en editar menús.

Editar el menú Aplicaciones
Lo que podemos hacer es añadir cosas (programas que no figuran ahí y se abren por la terminal, como Dalle), podemos quitar programas, que no se quitarán de nuestro disco duro, pero que quizás por estética no queremos tener ahí.
Podemos poner separadores, y cambiar de lugar cada grupo de aplicaciones.


Editando el menú Aplicaciones

Creando un nuevo elemento en el menú aplicaciones

Sistema
Parecido a aplicaciones, aquí podremos cambiar el lugar de los programas, así como quitar o añadir lo que nos interese.
Tanto en uno (Aplicaciones) como en otro (Sistema) se puede acceder a las propiedades de cada elemento y cambiarle los nombres, el comando que abre dicho programa y poner algún comentario.

Lugares
Para cambiar esto es distinto a los anteriores
Tenemos que abrir Nautilus, (por ejemplo, Lugares, Equipo y se abre en Nautilus por defecto) y a la derecha nos aparecen todos los lugares, ahí podemos quitar lo que no utilicemos, añadir otras carpetas y cambiar de nombre las que ya ahí.

Esto es muy útil, sobre todo para los/as que tenéis el disco duro particionado para tener el sistema operativo por un lado y vuestros ficheros por otro; entonces, si a pesar de que los ficheros se encuentren en otro lado queréis acceder a ellos a través de lugar, sólo tenéis que poner la carpeta (por ejemplo Imágenes) en Lugares, arrastrando desde la izquierda a la parte derecha, seguirá estando en la parte particionada de vuestro disco duro pero podéis acceder como si se encontrara todo en el mismo sitio.

Creando un nuevo elemento en Lugares

Creando un nuevo elemento en Lugares