¿Qué es el núcleo?
El sistema operativo GNU/Linux está formado por el núcleo (en inglés kernel) Linux y el resto. El núcleo Linux no es completamente libre, ya que tiene partes de software no libre. Linux-libre es el núcleo de linux 100% Libre.

Instalación del núcleo Linux-libre en Ubuntu
Nota: El núcleo linux-libre no incluye muchos paquetes que el núcleo linux normal si. Asi que si estás usando drivers privativos, perderás estos y no podrás usar algunas funciones de tu tarjeta gráfica, por ejemplo. Haz esto teniéndolo en cuenta y bajo tu propia responsabilidad.

El proceso es muy sencillo.
Nos vamos a la web de Aligunduz.org
Ahí tenemos que ver la última versión de los paquetes image y headers. Buscamos los más actuales.
En este caso son los del 23-Septiembre-2009 y a versión 2.6.30.7
linux-headers-2.6.30.7-libre-fshoppe1_i386.deb
linux-image-2.6.30.7-libre-fshoppe1_i386.deb

Una vez sabemos la última versión, nos vamos a Aplicaciones -> Accesorios -> Terminal, y escribimos
wget http://aligunduz.org/gNewSense/freedomshoppe/linux-image-2.6.30.7-libre-fshoppe1_i386.deb http://aligunduz.org/gNewSense/freedomshoppe/linux-headers-2.6.30.7-libre-fshoppe1_i386.deb
Después los instalamos, escribiendo
sudo dpkg -i linux-image-2.6.30.7-libre-fshoppe1_i386.deb linux-headers-2.6.30.7-libre-fshoppe1_i386.deb
Nos pidé la contraseña, la ponemos y ya se instala.
Ahora sólo tenemos que reiniciar Ubuntu y la primera opción de arranque en GRUB será con el núcleo 2.6.30.7-libre-fshoppe1_i386.
Y ya tenemos nuestro núcleo de Linux 100% libre.

Enlaces:
Página del proyecto linux-libre (en inglés)