Esta tarea de conversión es muy facilita en Ubuntu.
Instalando Soundconverter
Nos vamos a Aplicaciones -> Centro de Software Ubuntu y buscamos
Soundconverter. Lo instalamos.
Usando Soundconverter
Nos vamos a Aplicaciones -> Sonido y video -> Conversor de sonido.
En Editar -> Preferencias configuramos a nuestro gusto y según nuestras necesidades, y listo. Añadimos ficheros sueltos o carpetas enteras y le damos a convertir.
No me sale la opción de mp3
Tenemos que ir a Sistema -> Administración -> Gestor de paquetes Synaptic y buscar el paquete gstreamer0.10-plugins-ugly-multiverse
e instarlarlo. Una vez instalado, reabrimos el soundconverter y ya nos saldrá en preferencias la opción de mp3.
Fácil y sencillo.